أ) الهياكل القيادية للجامعة:

• المؤتمر الوطني: ينعقد بشكل عادي مرة كل أربع سنوات.
• المجلس الجامعي: يجتمع بشكل عادي مرة في السنة ويضم أساسا أعضاء اللجنة الإدارية وممثلين عن الفروع المحلية والنقابات الوطنية والتنظيمات الموازية.
• اللجنة الإدارية: تتكون من 70 إلى 80 عضوا وتجتمع مرتين في السنة.
• المكتب الجامعي: يتكون من 37 عضوا ويجتمع مرة كل شهرين.
• الكتابة التنفيذية للمكتب الجامعي: تجتمع أسبوعيا، وكلما دعت الضرورة لذلك.

ب) النقابات الوطنية:

قامت الجامعة ببناء عشر نقابات وطنية في عدد من القطاعات الفرعية الأساسية التابعة للقطاع الفلاحي، وهي:

• النقابة الوطنية لموظفي المحافظة العقارية والمسح والخرائطية.
• النقابة الوطنية للعاملين بسوجيطا.
• النقابة الوطنية للعاملين بصوديا.
• النقابة الوطنية لمستخدمي المكاتب الجهوية للاستثمار الفلاحي.
• النقابة الوطنية لموظفي وزارة الفلاحة.
• النقابة الوطنية لمستخدمي البحث الزراعي.
• النقابة الوطنية للمياه والغابات.
• النقابة الوطنية لمستخدمي مراكز الأشغال الفلاحية.
• النقابة الوطنية لمختبرات وزارة الفلاحة.
• النقابة الوطنية للعمال الزراعيين.
  وتعمل الجامعة على بناء النقابة الوطنية لموظفي التعليم الفلاحي والنقابة الوطنية للفلاحين الكادحين.

ت) التنظيمات الموازية:

قامت الجامعة لحد الآن ببناء تنظيمين موازيين مرتبطين بالجامعة مع التمتع باستقلالية نسبية وهما شبيبة القطاع الفلاحي (المفتوحة أمام الشباب العامل بالقطاع الفلاحي وأمام  الطلبة المهندسين والتقنيين وأمام المهندسين والتقنيين المعطلين بالقطاع الفلاحي) وتنظيم المرأة بالقطاع الفلاحي.وستعمل الجامعة مستقبلا على بناء تنظيم موازي خاص بمتقاعدي القطاع الفلاحي.

ج) الفروع:

• تعمل الجامعة على تكوين فروع لها على مستوى مناطق محددة وبشكل خاص على مستوى كل اتحاد محلي أو جهوي تابع للاتحاد المغربي للشغل. ويهدف الفرع الجامعي إلى تنظيم مجمل العاملين بالقطاع الفلاحي بالمنطقة المعنية.
• وفي إطار الجهوية تعمل الجامعة على بناء فروع جهوية على مستوى الجهات الجغرافية التي تحددها الجامعة.
• كما تقوم النقابات الوطنية والتنظيمات الموازية التابعة للجامعة بتأسيس فروع لها على المستوى المحلي أو الجهوي.